本系應屆畢業生約有五成選擇繼續修讀公衛相關研究所，而不論是大學畢業直接就業，或是研究所畢業後再就業，就業類型主要分布於四大部門：政府行政部門、產業部門、民間組織、學術研究與高等教育機構。

1.政府行政部門

公衛問題無所不在，與民生緊密相關。台灣隨著民主化，民眾對於公衛服務的要求越來越高，而維持良好公衛服務品質的關鍵，在於優質的公衛人力，以及公衛人員的就業保障。在政府行政部門，不論是醫療與健康照護體系、環保職安體系、國民健康促進體系，均需要大量具備完整訓練的公衛人員。

政府行政部門所需的公衛人力，主要分布於衛生行政、環保行政與職業安全衛生行政。在衛生行政方面，公衛人員主要的就業場域為衛生福利部業務單位及其所屬機構，如國民健康署、疾病管制署、食品藥物管理署、中央健康保險署等，以及各直轄市與縣市政府所屬的衛生局。

在環保行政方面，主要的就業場域包括行政院環境保護署業務單位，如環境衛生及毒物管理處、廢棄物管理處、水質保護處，及其附屬機關，如毒物及化學物質局、環境檢驗所，以及各直轄市與縣市政府所屬的環境保護局。

在勞工行政方面，主要的就業場域則為勞動部職業安全衛生署業務單位及其所屬機關，如職業安全衛生中心（勞動檢查單位），及勞動部所屬勞動與職業安全健康研究所。

對於公衛系學生而言，進入政府行政部門任職的主要管道為參加公務人員考試，主要類科為「衛生行政」、「衛生技術」、「環保行政」、「環境檢驗」、「職業安全衛生」等。政府行政部門另有許多約聘僱與透過委託計畫聘任的職缺，亦需公衛相關知識與技能。此類職缺因不受公務人員相關規範保障，工作條件與升遷管道較為受限，然而其中有部份職缺屬長期雇用性質，因此仍有相當程度的就業穩定性，並可藉此工作經歷，累積對於公部門公衛實務運作的相關知識。

2.產業部門

本系畢業生具公衛核心知識與整合性思考能力，在產業部門也有相當多元的發展空間。

就任職機構的屬性來看，包括醫療機構、長期照護服務機構、健康管理公司、健康資訊公司、生物統計諮詢公司、製藥公司、醫療器材公司、安全衛生管理顧問公司、臨床試驗受託機構(Contract Research Organization, CRO)、高科技製造業等。

就職業類型來看，包括健康管理專業人員、資料分析專業人員、職業安全衛生專業人員、環保與風險評估專業人員。其中有不少工作職缺需具證照資格。與公衛相關的證照包括：由考選部透過「專門職業及技術人員考試」頒給的「公共衛生師」、「職業衛生技師」、「工業安全技師」等專技證照；由勞動部檢定考試通過的「職業安全管理師」、「職業衛生管理師」證照；另有由專業團體自行辦理甄審核發的證照，例如「醫務管理師」、「病歷資訊管理師」、「長照管理師」、「健康促進管理師」等。相關資訊可參見「公共衛生相關公職、專技人員與其他證照考試」（連結）。

3.民間組織

民間組織又稱「非政府組織」(Non-governmental organizations)，旨在促進公共利益；活躍的民間組織，是監督公私部門與促進公民社會發展的重要機制，也是公共衛生介入的重要部門。

本系歷年來均有學生選擇至民間組織進行「公共衛生實習」，亦有一些學生在畢業之後，進入民間組織服務，並擔任有給職工作，例如：癌症希望基金會、台灣醫界聯盟、彭婉如基金會、「國際挪威路加機構」(Luke International Norway, LIN)、「柬埔寨人類發展研究」（Human Development Research Cambodia）等。

4.學術研究與高等教育機構

本系系友有極高比例繼續深造，不少系友在取得博士學位後於國內外學術研究與高等教育機構任教，從事公共衛生研究工作，作為政府公共衛生介入或民間倡議政策改革的實證基礎。

5.其他

部份系友在畢業後，選擇了看似與公衛截然不同的職涯發展路徑，但大學時期相對寬廣自由且較全面的公衛教育，仍對學生未來發展帶來助益，即使進入不同領域仍能有所發揮。